EDIT : Et zut, je m'appliquais pour faire une réponse complète, et je me fais devancer par Faust qui explique tout plus clairement en cinq lignes ><.
Ben, c'est vrai que j'ai du mal à différencier les deux: pour moi un shonen c'est Naruto, Bleach et co tandis que les shojos, se serait plutôt Vampire Knight ou Fruits Basket. Mais entre les deux, j'ai du mal à savoir comment classer une production comme School Rumble, Love Hina ou Mai Hime...
Je n'ai pas vraiment envie de relancer l'éternel débat sur les classifications d'animes/manga. Pour ce qui est des productions avec de nombreux éléments de romance, à mon avis, la part des choses est facile à faire si on prend des bases pré-établies. Donc, si on réfléchit en termes du public visé (un shônen vers les garçons, un shôjo chez les filles), c'est un fait que toute production à forte tendance ecchi est un shônen, et inversement pour les productions qui donnent une grande importance aux bishônens. Un harem centré autour d'une fille serait invariablement un shôjo, un harem centré autour d'un garçon serait un shônen.
En prenant ces critères-là, on définit rapidement des productions telles que Suzuka, Shuffle, Love Hina, Ah! My Goddess, et la majorité des animes basés sur des Dating Sims comme des shônens.
A l'inverse, des productions comme Special A, Itazura na Kiss, Kaichou wa maid-sama sont plutôt facilement reconnaissables en tant que shôjo. A mon avis, c'est plutôt clair que Mai-HiME est un shônen, vu la tendance ecchi de la première moitié de la série (rien que l'importance de la taille de la poitrine de Mai...). Mais Mai-HiME est dur à réellement caser dans une boîte peut-être car un shônen centré autour d'une fille est rare... ?
Pour ce qui est des comédies : School Rumble est invariablement tout public, ne remplissant pas vraiment les critères d'un genre, ni de l'autre. Je ne saurais parler de Ouran High et de Yamato Nadeshiko, puisque je ne les ai pas vus...
En gros, ce que je veux souligner, c'est qu'un anime qui a comme thème principal l'amour N'EST CERTAINEMENT PAS OBLIGATOIREMENT UN SHÔJO.