Il y a quand même plus de similitude que ça.
Le héros, ado mal dans sa peau, se fait embarquer par sa supérieure, jeune femme arrivant sur la trentaine, il est"obligé" de piloter un Mecha, il vit une relation difficile avec sa mère/son père, il combat des monstres étranges dont les motifs sont obscures, il cotoye une fille bizarre qui semble avoir énormément d'importance, et une organisation mystérieuse semble tirer toutes les ficelles.
Bref les 2 séries se ressemblent beaucoup.... en tout cas au début.
Par la suite, le traitement devient différent.
De manière générale je dirais que l'histoire de Rahxephon est volontairement encore plus obscure que celle d'Evangelion et la réflexion moins rigoureuse. En revanche Rahxephon dégage beaucoup plus de poésie.
Alors qu'Eva titille énormément les neurones, Rahxephon me semble d'avantage tourné sur l'aspect "émotionnel".
En faisant un raccourci hyper rapide, je dirais qu'Eva est trés INTELLIGENT alors que Rax est très BEAU (ce qui ne veut pas dire que Rax n'est pas intellingent et qu'Eva n'est pas beau).
Les auteurs d'Eva voulaient nous faire réfléchir, les auteurs de Rax voulaient nous faire ressentir. Eva s'approche plus de l'essai philosophique et Raxhephon plus de la peinture (cf Ayato).
En tout cas c'est comme ça que je l'ai vécu et c'est (je pense) une des raisons pour laquelle il y a 2 clans s'opposant sur le sujet. Si l'on est davantage touché par la réflexion on votera Eva, si on est d'avantage touché par la beauté on votera Rahxephon.
Mon conseil : voir les deux.
De toute façon ces deux séries volent à des années-lumières au-dessus de la moyenne de ce qui sort en ce moment.