Halo 3 clôt la trilogie. Après s'être débarrassé du premier Halo et d'une partie du corps dirigeant des Covenants. Master Chief, héros du jeu, et l'Arbiter, un Elite, joignent leurs forces pour détruire définitivement la menace Covenant avant le "Grand Voyage", qui nécessite l'activation de tous les Halo et tuera toute forme de vie dans la galaxie.