Haruhi Suzumiya, héroïne têtue et extravertie, cherche, sans doute à la manière du spectateur, à échapper à l'ennui. Elle choisit comme compagnon un lycéen sans aucune envie ni volonté, à la fois acteur et narrateur sarcastique, se demandant sans cesse à quoi bon poursuivre leur tribulations.
La chronologie des faits n'est pas respectée et est sans grande importance. Les thématiques traitées ne le sont que superficiellement, du policier au surnaturel en passant par la science fiction, elles servent essentiellement au remplissage d'épisodes inégaux faisant transpirer un certain ennui. Cet ennui est également parfois directement mis en scène, durant tout un épisode, le héros est envoyé chercher un radiateur, cet épisode est émaillé de plans distants nous montrant des protagonistes immobiles, en attente, en discussion stérile. Le fil narratif s'estompe peu à peu pour se clore sur une scène réunissant Haruhi et notre héros sous un parapluie. De ces constructions naît une certaine poésie bientôt transcendée par une fin aux allures d'introspection.
Consciente des ses limites et construisant des moments d'admiration par des scènes dont l'objet se rapproche parfois du néant, Haruhi Suzumiya brouille la perception et fait éprouver, comme l'évoque son titre, de la mélancolie.